購入してきた商品を自分で発送するのか？それともアマゾンのFBAを使って発送するのか？

ここは自由でいいのですが、書籍などの場合だと自己配送がベストだと思います。何故かと言うと、手数料が全然違うこと、利益率が大きく変わってくるからです。

自己配送のデメリットとしては、商品を保管しておく場所があるのか？また梱包などを自分でしていける余裕があるのか？などを基準に考えていくといいと思います。

書籍以外の、おもちゃや家電など大型商品の場合は、FBAを利用するのがベスト。プライムマークがついてないと売れ行きも変わりますし、何より保管がものすごく大変（傷や湿度などにも気をつかわないといけないので）。

時と場合に合わせて、両方をうまく活用していくのが最良の選択です。